竺可桢任浙大校长13年，基于自由主义价值观，长期对苏联和中共均无好感，但对中共由陌生到熟悉、由排斥到重视，有个“转心”过程，尤其称赞解放军进驻上海军纪严明。
对苏联一贯疑虑
和傅斯年等自由主义学者一样，竺可桢对苏联有深深的疑虑和敌意。他在浙大总理纪念周集会上向学生报告时局，称“联俄以抗日之不能救国，徒足以灭亡。”而且分别举中外多例论证此说，国外案例是西班牙内战；中国古代案例是南宋藉蒙古以灭金、吴三桂向满州借兵后，结果都是自取灭亡。（《竺可桢日记》，1936年12月14日）
1938年4月13日，他在汉口翁文灏家与傅斯年、蒋廷黻等共进晚餐，获悉“俄国近年生活仍苦，知识分子不满，故时时须清党。”1941年4月24日，他向浙大学生演讲，述评外交局势，“批评苏联各国均只知利害，不管是非，将来自食其果。”1945年3月26日，他以《怎样做一个民主国家的公民》为题，在重庆大学演讲，认为“俄之民主无言论自由，以国家在民族之上”。
1961年12月30日，他在《思想自传》中坦承，“我以为苏联是一个独裁国家，人民完全没有自由，以为中国共产党多少受克里姆林宫的指挥”；“苏联为集权政治，一党专政，中央委员会把持一切发号施令，人民意志无由表达”；“对于俄国十月革命我完全不了解其重要性，而且已经中了资本主义国家很深的毒，以为像英美的代议政治就可以走上社会主义，用不着用暴动流血像列宁那样用革命的方式”（按：恩格斯晚年著作《〈1848年至1850年的法兰西阶级斗争〉导言》有类似观点）；“对于共产党是抱着敌对的态度”。
美国汉学家欧文•拉铁摩尔在所著《满洲，冲突之发源地》的文章中认为，“苏联比中国强，比西方各国均强，强在于止乎其不止的膨胀扩大，不管其领袖是谁。”1947年3月9日，竺可桢阅读后在日记中讥讽：“这篇文章赞同俄国侵略真叫妙文，但是共产党必然是赞成的。”
1948年4月1日，他向学生演讲，简洁辨析民主主义和集权主义。先引用杜威著作《人生问题》第四章的区分观点：“民主主义的基本信仰是一般人的智慧，可以由他们的经验做向导，而走向进步之路；集权主义则信智慧集中于少数领袖。”又介绍他的区分：“爱”和“恨”这两种力量“成立了民主国家与集权国家的界线。民主主义国家的出发点是‘爱’，智慧集中在一般人身上”，“独裁主义国家的出发点是‘恨’，智慧是操纵在少数人的手里”。他在《思想自传》中补充，“共产党是以恨为出发点，所以天天要讲斗争、打击、痛骂。”
1948年7月5日，他在浙大毕业典礼上演讲时说：“目前苏联供给我们以马列主义，美国供给我以白米面包，但吾人生而有知，应该有独立之思想，不能人云亦云，食人唾余，更属可鄙，故自强不息实为目前之急务。”显然，竺可桢所指的“独立思想”、“自强不息”，是希望中国人物质上不依赖美国的白米面包、精神上不依赖苏联的马列主义。
作为一个坚贞的爱国者、独立的大学者，他对美国也不迷信。1939年7月26日，他获悉日机轰炸柳州四天，损失惨重，“烧房屋三千余间，精华尽毁，死人二百余。”在当天日记中愤怒抨击日寇和尚未对日宣战的美国：“近世战事之无人道至此已极，而美国尚源源供给日本以杀人利器，真不知天下有羞耻事矣。”1948年4月1日，他在演讲中指责，卢沟桥事变后，美国继续赚昧心钱，“以废铁、汽油售予日本，又表现了资本主义经济侵略政策。”