新三板是中国多层次资本市场的重要组成部分，为中小企业提供融资交易平台，同时为A股市场输送优秀企业。2016年5月新三板将所有挂牌公司分为创新层与基础层，旨在对不同企业实施不同服务与管理。新三板能否发挥其自身的苗圃功能与土壤功能成为提升新三板交易效率的关键。根据2017年中报数据，我们从企业规模、盈利能力、收益质量、流动性、估值水平等几个维度对比新三板创新层企业与创业板企业，分析目前新三板创新层的发展现状，并提出相关发展建议。
规模比较：新三板创新层平均规模低于创业板，但盈利排名前50位的企业规模大于创业板
截止到2017年9月8日，新三板共有11573家挂牌企业，其中创新层企业1381家，基础层企业10192家。1381家创新层企业的资产均值为6.59亿元，净资产均值为2.78亿元，均低于创业板企业（总资产均值为28.32亿元，净资产为17.49亿元）。新三板创新层企业总资产与净资产的中值水平也远低于创业板企业，说明新三板创新层企业整体规模小于创业板企业。
根据2017年中报公布的净利润数据对新三板创新层企业进行排序，得到盈利能力排名在前50位的企业，作为新三板创新层优秀企业的代表。鉴于创新层中规模最大的齐鲁银行（2017年中报显示总资产为2152.37亿元）规模远大于其他创新层企业，故在创新层前50名企业中剔除齐鲁银行，以降低对平均值的影响。
从均值层面看，创新层前50位企业总资产均值为33亿元，高于创业板企业（28.32亿元）；净资产均值为 14.42亿元，低于创业板企业（17.49亿元）。从中值层面看，创新层前50位企业总资产中值为19.24亿元，高于创业板企业中值（16.97亿元），而净资产中值9.40亿元则略低于创业板企业。同时，创新层前50位企业的资产规模远超过创新层整体，说明创新层企业规模的异质性较大，存在相当数量的小规模企业。