自苏联解体以来，中亚五国（哈萨克斯坦、塔吉克斯坦、吉尔吉斯斯坦、乌兹别克斯坦和土库曼斯坦）的恐怖主义一度掀起过浪潮。 1999年2月，极端势力组织了对乌兹别克斯坦总统卡里莫夫的暗杀，六枚炸弹分别在卡里莫夫总统车队行进路线上爆炸，卡里莫夫总统幸免于难。1999年夏和2000年春，几股武装向吉尔吉斯斯坦和乌兹别克斯坦发起了攻击，对中亚国家造成了极大冲击。2004年3月，在乌兹别克斯坦的塔什干和布哈拉发生了恐怖爆炸，而较小规模的恐怖事件在中亚更是时有发生。
但综合而言，自苏联解体之后，中亚五国的恐怖主义发生频率整体上偏低。相关研究显示，中亚五国在转轨之后至2012年，每国年均恐袭次数基本都在10次以下，频率和烈度看起来并不是很高。并且，中亚五国一直在和世界主要大国合作以打击本土和外来恐怖主义。近年来，中亚五国的恐怖主义威胁烈度似乎一直不高，伊斯兰圣战旅（Jihad）更是数年都未在中亚五国发动攻势。因此，中亚五国的恐怖主义威胁似乎在逐渐退潮。近期，英国智库“战争与和平报道研究所”（Institute for War and Peace Report,IWPR）和清华大学战略与安全研究中心发布的《2024中国外部风险展望》中都未提及中亚五国的恐怖主义风险。
但是，综合历史与现实因素，安邦智库（ANBOUND）研究人员认为，恐怖主义依然是中亚五国的重要威胁，且有着较强的蔓延-扩散性，会对包括中国新疆在内的地区稳定产生持续性的威胁。
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