1951年11月30日，中共中央发出《关于在学校中进行思想改造和组织清理工作的指示》；12月1日，通过《关于实行精兵简政、增产节约、反对贪污、反对浪费和反对官僚主义的决定》。轰轰烈烈的思想改造运动（很快从教育界扩展到文艺界和整个知识界）和“三反”运动（即反对贪污、反对浪费、反对官僚主义）在全国开展了。
这是解放后知识分子经历的第一次思想改造。杨绛在《洗澡•前言》中说，当时“三反”运动“又称‘脱裤子，割尾巴’。这些知识分子耳朵娇嫩，听不惯‘脱裤子’的说法，因此改称‘洗澡’。”
竺可桢的身份已由前国立浙江大学校长、中央研究院气象所所长，转变为此时的中国科学院副院长，也被塑造为旧政府和国民党阵营中转变的典型，一个进步知识分子，一个红色科学家。他亦步亦趋，努力跟上政治形势和政治运动，曾唱高调、说套话，但从未丧失一位科学家的良知，“洗澡”中也不例外。
1952年1月4日，中共中央又发出《关于立即限期发动群众开展“三反”斗争的指示》，要求各单位立即按限期发动群众开展斗争，“三反”运动迅速进入高潮。同日，政务院文化教育委员会副秘书长范长江、办公厅主任徐迈进听取中科院“三反”工作汇报后，要求1月7日以前各单位首长作自我检讨和发动群众。中共中央的指示和政务院主管部门的要求迅速予以落实。
1月6日下午，中科院召开大会，副院长陶孟和、竺可桢、吴有训分别作“三反”自我检讨40分钟、30分钟、25分钟。竺可桢主要检讨自己除了官僚主义外，还有“本位主义和敌我不分两个缺点”。与会者纷纷开炮，其中针对竺可桢的意见有：“不够深刻，丝毫没有检查到实际问题”；“利用公家运器材时搬家具”；“有作客思想（注：明指没有主人翁觉悟，暗指与党不是一条心）是要不得的”；钱三强针对本位主义批评，竺曾经工作过的四个单位“南高、中研、气象、地理的人不能动，其他部份就置之度外”等。