从世界银行副行长的位子上卸任之后，林毅夫很快变成了财经界富有争议的人物，原因大抵来自于他对中国经济增长的预测：未来20年，中国仍有潜力实现每年8%左右的经济增长率。对于这样的预测，与林毅夫教授“商榷”的学者不在少数，林毅夫也对各种质疑作出了回应，论辩双方的焦点在于中国经济增长向何处去。
林毅夫在《新结构主义经济学》中提出了“增长甄别与因势利导框架”，为不发达国家实现经济增长提供了六大步骤，核心在于在政府的扶持与引导之下发挥比较优势，进入增长轨道之中。反对者批评的焦点就在于政府的角色，依靠国家投资能实现经济增长吗？中国经济两个季度连续“破8”，尤其是第三季度低于“十二五”规划的7.5%的既定目标，如何实现经济的增长就成为焦点所在，出台大规模的刺激计划似乎不可行，2009年的四万亿及其连带的天量投资阻止了中国经济下滑，但是也带来了不少麻烦。正是在这种背景下，林毅夫的预测才引起了非议。
面对非议与批评，林毅夫做了两点重要的回应：中国经济的持续增长需要以投资为主体；政府在产业升级和技术创新中扮演重要的角色。换言之，政府在兑现增长潜力的过程中扮演重要的角色。从经济史的发展历程而言，林毅夫提出的发展经济学3.0版更贴近历史，市场并非自发产生的，而是与政府共生的。强政府与强市场才是经济增长的制度保障，也是现代经济增长的秘密所在。
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